Вариантов много.
1. Через inf файлы.
2. Скрипт(java, vb), тут то же два варианта:
2.1 Цепляешься к удаленному реестру(если открыт доступ) и делаешь что хочешь.
2.2 Кидаешь файл в атозагрузку на удаленной машине.
3. С помощью административных политик, но на локальных машинах(файлы с расширением adm)
P.S. Есть хорошая книга "Хонейкатт Дж.Реестр Microsoft Windows XP. Справочник профессионала"