Тут две проблемы в этом вопросе:
1 - автоматические утилиты, чистящие реестр и
2 - редакторы реестра.
Из автоматов - лучше всего РегКлинер, в последствии ставший jv16 power tools.
А из редакторов - нет ничего лучше чем ФАР. Поиск по любой ветке или по всему.
Поиск веток или ключей - по выбору.
Ф3 - все содержание видишь, Ф4 - редактируешь
Ф5 - копируешь в файл любую ветку. И много еще чего, чего нет в других или делается там через *опу.