Довольно часто достаточно очень неплохого менеджера, встроенного в Total Commander. Напиши для каких задач нужен и тогда можно дать более конкретную рекомендацию, но лучше всего самому попробовать разные менеджеры и сделать свой выбор.
CuteFTP
ОООЧень много настроек, синхронизация и т.д. Большой плюс - поддерживает скипты, с помощью которых и движка CuteFTP можно автоматизировать сколь угодно сложные задачи.