Странно, почему у Вас сложилось такое впечатление про ФС?
Ведь http://doc.freenas.org/index.php/Features утверждает, что поддерживается ZFS как основная файловая система (или, точнее, в том числе и менеджер файловых систем)... Описание нагло врёт?
И опишите, пожалуйста, как Вам удалось...
По всей видимости, wellget давно не обновляется, поэтому и сложности со скачиванием. Какой именно функционал требуется?
М.б. стоит еще раз рассмотреть варианты
(например, http://ru.wikipedia.org/wiki/Менеджер_загрузок )?
Например, посмотреть Free Download Manager (русская локализация...
Стандартный планировщик задач Windows + rsync.
rsync для WinXP - http://www.itefix.no/cwrsync/;
для Win98 берем версию постарше
(например, http://optics.ph.unimelb.edu.au/help/rsync/binaries/).