process explorer от sysinternals - была совсем недавно такая полезная фриварная утилита - пока руссиновича и сотоварищи не переманили в майкрософт корп
стоит поискать - где то точно еще лежит
запускаете как ?
на каком из разделов ?
перемонтируете этот раздел на чтение/запись
потом утилитой fsck, соответствующей типу фс на этом разделе - (ext2fsck например) ->
fsck [-options] [device | mount_point]
все остальное есть в man fsck
При желании можете поменять флаг проверки файловой...