Единственное преимущество FAT32 перед NTFS - совместимость с Win98 & DOS.
Если вы намерены работать с Win2000, WinXP или LIVE-CD, то только NTFS !!!
Если ОС рухнула, то консоль вам нафиг не нужна! Все что нужно - это Диск
WinPE или INFR@, ну и, конечно, не очень кривые ручки :-))