Ты глянь, может у тебя начало координат "В последней выбранной точке" стоит. Или, пока вторую возил мышой по экрану, на пробел понажимал - угол другой у панели и взяли...
Непонятно мне... Ладно, "донышки" сделал на пол и потолк - это понятно, но почему "дырка между ними"???
Если сделать контур одной линией, стенки будут одним объектом. Все.
Если делать отдельными отрезками - получим разные объекты (стенки), их можно разносить по разным слоям для "прятанья". Так...