Использовал почти все известные системы контроля версий: CVS, SVN, VSS, Bazaar, TFS, Perforce, Mercurial, Git.
В новых проектах предпочитаю использовать современные распределенные системы контроля версий: Git и Mercurial, которые лишены недостатков, присущих старым системам, таким как CVS, SVN и т.п.
Если кто-то еще не знает или не понимает, чем новые распределенные системы контроля версий лучше, чем старые централизованные, то рекомендую почитать или посмотреть доклады о git и mercurial. Например, вот этот