На практике замеченно, что если хочеться меньше проблем в жизни, то NTFS гораздо предпочтительоней. У знакомых, где под управлением WinXP стоит FAT32 проблем куча. Постоянно теряются данные и прочие глюки, которых никогда не наблюдалось на компах с NTFS.